Dans un souci d’efficacité et de cohérence, plusieurs indicateurs valorisent les données de programmes déjà existants : Observatoire national de la biodiversité, SDAGE, Natura 2000, plans nationaux en faveur des espèces menacées (PNA), plans de conservation régionaux.
Certains indicateurs du dispositif disposaient déjà d’un état initial, alimenté depuis de nombreuses années par les acteurs du territoire de la Loire et de son estuaire (GIPLE, CEN, associations). D’autres ont fait l’objet d’importantes acquisitions pour constituer un état « avant travaux ».